Fundist hafa leifar um búsetu manna á einni Filippseyjanna, Palawan, sem taldar eru 50 þúsund ára gamlar. Fyrir 30 þúsund árum settust að á eynni ættbálkar sem enn eiga fulltrúa meðal íbúanna, þeir nefnast Aetar.

Meirihluti íbúanna er kominn af ættbálkum sem upprunnir eru á Taívan. Fyrir um 4500 árum hófu þessir ættbálkar landnám suður af Taívan, fyrst á Filippseyjum en síðan smám saman um allar Austur-Indíur og eyjaklasa á Kyrrahafi. Íslamskir, kínverskir og indverskir kaupmenn versluðu við Filippseyjar fyrir komu hvítra manna þangað. Arabar frá Malasíu og Borneó kynntu íslam á eyjunum og náði trúin fótfestu á hluta eyjanna. Ekkert sameinað ríki var í landinu.

Magellan uppgötvaði eyjarnar árið 1521. Þær voru spænsk nýlenda 1565 - 1898. Spánverjar kristnuðu eyjaskeggja, sameinuðu eyjarnar í eitt ríki og vörðu þær fyrir Portúgölum, Kínverjum, Bretum og fleiri þjóðum. Spánverjar komu á plantekrukerfi sem innfæddir kunnu illa við og gerðu þeir oft uppreisnir gegn stjórn Spánverja. Í lok 16. aldar var Manila, undir stjórn Spánverja, orðin ein mesta verslunarmiðstöð Asíu og þaðan var verslað við Kína, Indland og Austur-Indíur. Árlega fór skip frá Filippseyjum til Nýja-Spánar í Ameríku með mikil verðmæti.

Spánverjar áttu á 17. öld í miklum átökum við Hollendinga sem voru að koma sér fyrir í Austur-Indíum. Frá 17. til 19. aldar áttu Spánverjar einnig í hörðum átökum við Moro-menn sem voru innfæddir á eyjunum og höfðu eigin flota sem þeir stunduðu á sjórán og verslun.

Árið 1834 voru Filippseyjar opnaðar fyrir frjálsri verslun. Á 19. öld efldist sjálfstæðisbarátta heimamanna og árið 1896 gerðu þeir uppreisn og komu á fót byltingarstjórn. Árið 1898 hertóku Bandaríkjamenn eyjarnar í styrjöld þeirra við Spán. Bandaríkjamenn börðust við sjálfstæðishreyfingu Filippseyja og sigruðu hana í stríði sem stóð í 15 ár eða til ársins 1913. Filippseyjar fengu takmarkaða sjálfstjórn árið 1935. Japanir hernámu eyjarnar í síðari heimsstyrjöldinni en eftir lok hennar öðlaðist landið fullt sjálfstæði og fékk inngöngu í Sameinuðu þjóðirnar árið 1946.

Ferdinand Marcos var kosinn forseti árið 1965. Hann tók sér sífellt meira vald og var í raun þjóðkjörinn einvaldur sem ríkti í skjóli hers og lögreglu. Margar uppreisnartilraunir gegn einveldi Marcosar urðu til þess að hann lýsti yfir neyðarástandi í landinu og eftir morðið á foringja stjórnarandstöðunnar, Aquinosi, þegar hann sneri heim úr útlegð, varð mælirinn fullur og Marcos varð að flýja land.

Ekkja Aquinosar var kosin forseti árið 1986 en stjórn hennar átti í vök að verjast og varð um síðir að segja af sér. Í hennar stað kom Corazon Aquino og reyndi hún að auka stöðugleika og efnahag í landinu en árið 1992 tók Fidel Ramos við forsetaembættinu og gekk honum ágætlega að bæta efnahag þjóðarinnar. Bandaríkjamenn lokuðu herstöðvum sínum í landinu 1992.

Joseph Estrada var kosinn forseti árið 1998 en eftir réttarhöld yfir honum vena meintrar spillingar árið 2001 gekk embættið til varaforseta hans Gloria Macapacal- Aroyo. Hún hefur stýrt landinu upp frá því og var endurkjörin 2004.